使用指南

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平台软件及使用



1. 商用软件

1.1 配置环境


用户使用商用软件前,需要用户修改账户下的环境配置文件。无锡超算为用户提供了自动配置环境的脚本,只需将脚本拷贝至自己的目录下,直接运行即可自动配置好环境。

具体操作:

● 将自动配置环境的脚本(/GPFS/bsub_f_script_module/auto/set_bash.sh),拷贝至自己的当前目录下 :

● 在用户的当前目录下,直接运行该脚本即可 :
图片名称


1.2 Fluent

具体步骤:

● 用户将算例上传至自己的目录下(确保一个文件夹下只有一个jou文件),使用“pwd”命令来查看当前路径 :

● 随后执行如下命令:bsub -I -q q_x86_expr -N 2 -np 4 -app fluent171

● 当屏幕打印出现“Enter Your JOB_WORKING_DIR:”时,输入刚才“pwd”命令查看到的工作目录 :

● 随后,屏幕打印会出现“echo please select the precision (2d3d3ddp)”,请用户根据提示选择。
● 之后调度系统会自动寻找算例文件。

Fluent模板参考

● 参考文件路径 :
瞬态:/GPFS/fluent_jou/fluent1
稳态:/GPFS/fluent_jou/fluent2
用户可拷贝至自己的路径下进行测试。


1.3 CFX

具体步骤:

● 用户将算例上传至自己的目录下,使用“pwd”命令查看当前路径后 :

● 执行如下命令:bsub -I -q q_x86_expr -N 2 -np 4 -app cfx
● 当屏幕打印Enter Your JOB_WORKING_DIR:时,输入工作目录 :

● 随后,屏幕会打印“please select the ansys version(162170180)”,请用户根据提示选择求解器版本(推荐使用180)。

CFX模板参考

● 参考文件路径:

/GPFS/xide/software_test/cfx

用户可拷贝至自己的路径下进行测试。



2. 气象软件:WRF


WRF(Weather Research and Forecast Model)模式是由美国气象环境预报中心(NCEP)、美国国家大气研究中心(NCAR)、美国国家海洋和大气管理局(NOAA)的预报系统实验室等多个机构开发的一种中尺度天气预报模式,分为用于研究的ARW(Advanced Research WRF)和用于业务的NMM(the Nonhydrostatic Mesoscale Mode)两种,分别由NCEP和NCAR管理支持。



2.1 商用intel平台


自行安装
● 首先,将WRF安装包放到online1下新建的WRF目录下,将安装包进行解压和展开工作
● 其次,安装WRFV3。这是因为安装WPS时,要用到WRFV3里的几个文件库。所以在安装WPS之前要先安装好WRFV3
● 最后,编译WPS

用户可在intel平台上自行安装,具体操作请点击下载商用intel平台-WRF安装手册


已有版本(WRF3.5.1 WRF3.7.1)

WRF3.5.1
● 用户需将/usr/sw-mpp/apps/bin/WRF路径下的123.tar.gz压缩包拷贝到自己的目录下:cp /usr/sw-mpp/apps/bin/WRF/123.tar.gz 用户自己的路径
● 解压123.tar.gz(tar –xzvf /用户自己的路径123.tar.gz),得到三个文件夹,其中wps_3.5.1和wrf_intel_3.5.1是商用intel版本,然后vi ~/.bash_profile文件,在里面加上下面的语句:
图片名称
● 然后保存退出(注:编译运行intel的wrf的时候要加上这两句,但是编译神威上的wrf的时候要注释掉这两行!!!不然会有冲突!!!)

● 执行source ~/.bash_profile 或者重新开个窗口。用户如果不需要进行额外的代码修改和编译,在自己目录下即可直接运行。


WRF3.7.1

● 用户需将/usr/sw-mpp/apps/bin/WRF/WRF3.7.1_gw路径下的WRF3.7.1_GW.tar.gz压缩包拷贝到自己的目录下:cp /usr/sw-mpp/apps/bin/WRF/WRF3.7.1_gw/WRF3.7.1_GW.tar.gz 用户自己的路径
● 解压WRF3.7.1_GW.tar.gz(tar -xzvf WRF3.7.1_GW.tar.gz),出来是WRF3.7.1_gw文件夹,其中wrf_intel文件夹是商用intel版本。然后vi ~/.bash_profile文件,在里面加上下面的语句:
图片名称
● 然后保存退出(注:编译运行intel的wrf的时候要加上这两句,但是编译神威上的wrf的时候要注释掉这两行!!!不然会有冲突!!!)

● 执行source ~/.bash_profile 或者重新开个窗口。用户如果不需要进行额外的代码修改和编译,在自己目录下即可直接运行。


提交作业命令

bsub –q q_x86_share(队列名)-n 1(核数) ./geogrid.exe

用户根据自己可使用的队列和需要的核数自行修改队列名和核数即可。



2.2 国产神威平台


已有版本(WRF3.5.1 WRF3.7.1)
WRF3.5.1
● 用户需将/usr/sw-mpp/apps/bin/WRF路径下的123.tar.gz压缩包拷贝到自己的目录下:cp /usr/sw-mpp/apps/bin/WRF/123.tar.gz 用户自己的路径

● 解压123.tar.gz(tar –xzvf /用户自己的路径 /123.tar.gz),得到三个文件夹,其中wrf_sw_3.5.1是神威主核版本,解压后用户如果不需要进行额外的代码修改和编译,可直接在自己目录下运行使用。


WRF3.7.1

● 用户需将/usr/sw-mpp/apps/bin/WRF/WRF3.7.1_gw路径下的WRF3.7.1_GW.tar.gz压缩包拷贝到自己的目录下:cp /usr/sw-mpp/apps/bin/WRF/WRF3.7.1_gw/WRF3.7.1_GW.tar.gz 用户自己的路径

● 解压WRF3.7.1_GW.tar.gz(tar -xzvf WRF3.7.1_GW.tar.gz),出来是WRF3.7.1_gw文件夹,其中wrf_sw文件夹是国产机版本,里面包好了主核(WRFV3)和从核(WRFV3_cong)两个版本,用户可根据需要自行选择。解压后用户如果不需要进行额外的代码修改和编译,在自己目录下即可直接运行。

如果用户需要对主核/从核版本,进行重新编译,具体操作请点击下载国产神威平台-WRF编译手册


提交作业命令

bsub –q q_x86_share(队列名)-n 1(核数) ./geogrid.exe

用户根据自己可使用的队列和需要的核数自行修改队列名和核数即可。



2.3 注意事项


● 目前我们主要在执行wrf.exe时在国产机上使用,之前的前处理部分一般还是放在intel上去运行。
● 在编译intel上的wrf时我们在环境变量文件bash_profile中加上了下面语句:
图片名称
在编译国产机上的wrf时必须把这两个语句用“#”注释掉,注释掉后可执行source ~/.bash_profile或者重新开个窗口进行编译,不然会编译出错,切记!!!
● 神威国产机上的netcdf库的路径如下:/usr/sw-mpp/apps/bin/WRF/netcdf



3. 后处理可视化类软件(NCL Grads Ncview NCO)

● 目前我们在公共目录下装好了NCL ,Grads,Ncview,NCO软件,用户可以直接使s用,只需要修改账户下的环境配置文件:vi ~/.bash_profile,然后在文件中加上下面截图中的语句即可:

● 修改好之后,需要重新开个窗口使用,或者source ~/.bash_profile,就可以使用了。


上机流程
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