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超算天生为性能而生，所有的节点都是真实的物理机，作业直接运行于物理机，可以充分发挥CPU等核心部件的性能。

云计算大部分基于虚拟化基础设施，用户直接使用的是运行在宿主机上的虚拟机，性能相对物理机难免有一些损失。如果不是web服务等非计算密集型任务，可能造成比较明显的影响。更重要的是，我们还不得不担心一个对性能影响更大的问题——超卖。

为了追求极致性能，超级计算机的所有节点都选择集中放置，并通过高速低延迟的局域网进行连接。

例如，“神威·太湖之光”节点间都通过InfiniBand交换机进行连接，对分带宽约相当于千兆以太网的56倍，同时还有极低的延迟。

而基于虚拟化基础设施的云计算，在网络硬件一般不会采用昂贵的InfiniBand，同时虚化也会对网络效率带来影响。

超算通常采用作业调度系统给计算任务分配计算资源，资源充足时所消耗的时间用户几乎无法感知。

同时，国家超级计算无锡中心使用自研的调度系统，调度时间短、系统资源占用率小于0.1%、调度时间相比其他超算使用的调度器大幅缩减。

而云计算一般需要采用虚拟机调度，启停虚拟机通常需要带来额外的时间开销。另外，当虚拟机资源不满足多变业务资源需求时，还需要反复重新配置和启动虚拟机。

超级计算机在“集中力量办大事”方面具有天然优势。超级计算机最核心的场景，就是利用所有的计算资源计算一个大科学问题。得益于超级计算机节点间高效通信网络，科学计算和工程模拟等需要并行进程间实时通信的应用，在超级计算机上能获得非常理想的加速比。

而在云计算环境中，单个虚拟机规模往往不能突破单个物理节点的规模限制。云计算在架构上，一般是众多分布式物理集群的集合，而物理集群之间通过互联网进行连接。因此，即使采用作业调度模式，云计算在跨集群计算时也无法克服互联网带来的物理网络瓶颈。