典型案例

基于“神威•太湖之光”的分子动力学模拟软件bio-ESMD

分子动力学模拟是人类认识和了解微观世界的重要工具之一，是目前观测微观体系随时间演进的主要手段，在生命科学和材料学中有广泛的应用。

生命科学

bio-ESMD（biological Exa-Scale Molecular Dynamics）是一款针对神威系列处理器开发的分子动力学模拟软件。其前身是基于神威•太湖之光的分子动力学性能测试实现ESMD。与常见的分子动力学模拟软件不同，ESMD和bio-ESMD都使用了完全的格点索引实现，也就是，纯正的无邻接表实现，以在SW26010的DMA+GLD/ST框架下将其访存性能发挥到极致，从而为后续的计算优化提供机会。

材料学

生物材料团队移植了Tersoff、ReaxFF、ILP等力场，并有自研的基于LAMMPS的层间力场LMFF。LMFF在模拟层状的BNC材料中有显著的性能优势，2022年，由山东大学、清华大学和超算中心组成的联合团队完成了微米级石墨摩擦体系的模拟，并且实现了第一次对该体系中弹性波的观测。